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农业与技术 ›› 2023, Vol. 43 ›› Issue (19): 20-25.DOI: 10.19754/j.nyyjs.20231015005

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西瓜NAS基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析

赵展   

  1. 开封大学,河南开封475004
  • 出版日期:2023-10-15 发布日期:2023-10-15
  • 作者简介:赵展(1987-),女,博士,讲师。研究方向:作物遗传育种。
  • 基金资助:
    河南省科技攻关计划项目(项目编号:222102110447);河南省高等学校重点科研项目计划(项目编号:23A210032)
  • Online:2023-10-15 Published:2023-10-15

摘要: 为了探究西瓜NAS基因家族的生物学功能,基于西瓜全基因组组装注释数据,利用HMMER、MEGA、 TBtools等工具对西瓜NAS家族进行生物信息学的鉴定和分析,包括染色体定位、蛋白质结构、蛋白保守基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和共线性分析。结果表明:在西瓜全基因组中共鉴定出4个ClaNAS基因,分布于2号染色体、3号染色体、6号染色体上;编码的氨基酸数量变化范围为277~356a阳、分子量为30.68~39.88kDa、等电点为4.71~7.46;4个claNAS成员编码蛋白质的二级结构组成一致,三级结构差异明显;拟南芥、水稻、甜瓜、番茄和西瓜5个物种的NAS基因家族被分为3个亚族,其中葫芦科植物被单独聚为一类;西 瓜NAS基因家族的启动子区含有激素应答、光响应、胁迫应答、转录因子结合位点等多种顺式作用元件;西瓜基因组内未发现NAS基因的串联重复和片段复制,但西瓜NAS基因与拟南芥、番茄的NAS基因间分别存在2个共线性基因对。西瓜NAS基因家族的全基因组鉴定与生物信息学分析为进一步研究西瓜NAS基因的功能和分子 机制提供了依据。

关键词: 西瓜;NAS基因家族;全基因组鉴定;生物信息学;分析

中图分类号: